互換性のない古いバージョンがあり、古いバージョンを使用しているプラグインを使用している場合は注意が必要です。
古いバージョンを使用しているプラグインを使用していない、新しいバージョンに更新する場合は特になにも問題ありません。
バージョンを上げる場合は古いプラグインを削除してください。（ファイル名が違うので注意してください。）
Sybaris\UnityInjector内
設定ファイルは新しいバージョンで引き継がれるので、消さないようにしてください。
※メイドいぢりの新しいバージョンの設定は古いバージョンで正しく読めないので、バージョンを戻す可能性がある場合はバックアップ推奨です。
窓いぢりはほぼ機能が変更されていないのでこれ単体で古いバージョンを使用することは非推奨です。
つまりメイドいぢりを古いバージョン、ぷらし～ぼの新しいバージョンを使用する場合1)は、共存可能ですがTCPのリスニングポートが競合してどちらかしか繋がらなくなります。
そのため古い方または新しい方の設定を変更する必要があります。
Sybaris\UnityInjector\Configにある2)どちらかの設定ファイルを変更してください。
<Port>9821</Port>
の番号を別のポートに変更してください。アプリ側の設定3)も変更してください。
※未使用のポートを指定する必要があります、よくわからない場合は9822,9823,9824…と1つずつずらして試してください。そのあたりは空いていると思いますが(TCPやUDPにおけるポート番号の一覧)使われているかもしれません。